Poprvé byla Chelsea armádním psychologem diagnostikována s pohlavní dysforií v květnu 2010. Své přání žít jako žena a nastoupit na hormonální terapii potvrdila v srpnu 2013, den poté, co byla odsouzena ke 35 letům vězení. 

Přestože jí byla terapie povolena, nebyl ovšem schválen požadavek, aby si mohla Chelsea nechat narůst vlasy. To bude znovu zvažováno až 7 měsíců od nástupu léčby. Psycholog však již dříve varoval na možnost myšlenek na sebekastraci nebo dokonce sebevraždu, pokud požadavku na ženskou identitu bude bráněno. 

Je to vůbec poprvé, co Ministerstvo obrany povolilo hormonální léčbu u aktivního člena vojenské služby. Mnoho zařízení již předepsalo léčbu vězňům s pohlavní disforií, ovšem Chelsea Manning je prvním transsexuálním vojenským vězněm, který o tuto léčbu přímo zažádal.