Ilham Tohti dlouhodobě poukazoval na situaci Ujgurů, kteří v Číně čelí rozsáhlé diskriminaci. Založil internetovou stránku Ujgur online, kde propagoval otevřený dialog mezi Ujgury a Číňany a veřejně vystupoval proti separatismu a násilí.

Ve svých textech a přednáškách otevřeně kritizoval čínskou vládní politiku, která omezuje používání ujgurského jazyka a možnost praktikovat náboženství, snižuje šance na získání zaměstnání a podporuje migraci Chanů (etnických Číňanů) do Sin-ťiangu, což vyvolává nepokoje a etnické napětí.

Od Tohtiho uvěznění se čínská politika vůči Ujgurům postupně zpřísňovala. Čína zbudovala síť takzvaných převýchovných táborů, kde je podle odhadů v současné době svévolně držen více než milion Ujgurů.

Tohti byl ve vězení opakovaně mučen nebo s ním bylo jinak špatně zacházeno a rodinní příslušníci ho mohli navštěvovat jen zřídka. Od roku 2017 má zakázané návštěvy rodiny i právníka a není tedy jisté, kde přesně a v jakém zdravotním či psychickém stavu se nachází.

Krátce před svým uvězněním poskytl novináři z Radio Free Asia rozhovor, v němž vyjádřil obavy z toho, že bude mučen a nucen k přiznání, nebo že mu ve vězení dokonce hrozí smrt.

Když v roce 2009 vypukly v Ujgurské autonomní oblasti Sin-ťiangu etnické nepokoje, byl na několik týdnů zadržen poté, co na internetu zveřejnil informace o Ujgurech, kteří byli během protestů a po nich zadrženi, zabiti nebo nuceně zmizeli.

V následujících letech byl sledován čínskou policií a na různě dlouhá období umísťován do domácího vězení.

Dne 15. ledna 2014 byl zadržen policií přímo ve svém domě v Pekingu. Jeho rodina o něm pět měsíců neměla žádné zprávy. Několik dní nedostal žádné jídlo a dvacet dní v kuse měl pouta na nohou. Dne 23. září 2014 byl po nespravedlivém soudním procesu, na základě obvinění ze separatismu, odsouzen k doživotnímu trestu vězení a zabavení majetku.

Jeho uvěznění odsoudila řada západních vlád, Evropská unie a lidskoprávní organizace.

V roce 2016 vyzvaly v otevřeném dopise k jeho propuštění na čtyři stovky akademiků z celého světa.

Ilham Tohti získal několik významných ocenění, mimo jiné Sacharovovu cenu za svobodu myšlení a cenu Václava Havla za lidská práva. V roce 2019 byl nominován na Nobelovu cenu za mír.

Letos si připomínáme desetileté výročí jeho uvěznění.